14 марта 1995 года образовано отделение по Аткарскому району Управления федерального казначейства Министерства финансов Российской Федерации по Саратовской области (приказ УФК МФ РФ по Саратовской области от 14.03.1995 №20).

2 мая 2012 года отделение было реорганизовано в Отдел № 3 Управления Федерального казначейства по Саратовской области в соответствии с приказом УФК по Саратовской области от 21.02.2012 №79.

С августа 2021 года Отделу № 3 Управления Федерального казначейства по Саратовской области переданы функции Отдела № 12 (приказ УФК по Саратовской области от 16.08.2021 № 383), в связи с чем, Отдел № 3 выполняет возложенные на него функции на территории Аткарского и Екатериновского муниципальных районов Саратовской области.

Шкитина Светлана Михайловна в течение 10 лет возглавляла отделение - с момента его создания и до выхода на заслуженный отдых в 2004 году. Её трудовая деятельность является истинным примером служения делу возрождения казначейской системы. Её решительность и настойчивость, высокий профессионализм и доброжелательное отношение к людям были очень необходимы на начальном этапе создания и функционирования отделения.

В период с 2005 года подразделением руководил Абрамов Андрей Викторович, с 2013 года продолживший свой трудовой путь в аппарате Управления. В настоящее время отдел возглавляет Игнатова Нина Александровна.

Выполняя возложенные функции, специалисты отдела оказывает консультативную помощь участникам бюджетного процесса, обслуживаемым в отделе, а также иным юридическим и физическим лицам по вопросам, относящимся к их компетенции.

Вовлеченность в процесс, умение расставлять приоритеты и реализовывать новые проекты - суть работы структурного подразделения. Благодаря решительности и упорству специалистов, бесконечно преданных делу и профессиональному долгу, готовых с ответственным и позитивным настроем решать поставленные перед ними задачи, воплощаются в жизнь самые смелые замыслы и начинания.