Операционный отдел создан в январе 2006 года.

Отдел возглавляли:

- с 2006 года Бурцев Сергей Александрович;

- с 2011 года Савинова Светлана Геннадьевна.

С 2024 года начальником операционного отдела является Деянова Надежда Анатольевна.

Благодаря усердной работе отдела в тесном взаимодействии со всеми подразделениями Управления ежедневно обеспечивается своевременное проведение кассовых операций, осуществляемых в ходе исполнения бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, бюджетных, автономных учреждений и иных организаций. Операционный отдел координирует действия структурных подразделений Управления при осуществлении операций на счетах.

С целью минимизации наличного денежного обращения в секторе государственного управления, сокращения наличных операций у бюджетополучателей и их перевод в безналичные формы была проведена совместная работа с крупными кредитными организациями Саратовской области по выпуску бюджетных карт. В ноябре 2014 года опубликована статья в журнале «Финансы» № 11 на тему «Банковская карта - просто, удобно, оперативно», подготовленная специалистами отдела.

Реализация системы казначейских платежей (СКП) с января 2021 года позволила открыть Управлению единый казначейский счет и аккумулировать все государственные финансы, средства публично-правовых образований, а также иные средства региона. Вместо множества банковских счетов, открытых УФК по Саратовской области и финансовым органам Саратовской области и муниципальных образований, был открыт единый казначейский счет, что позволило осуществлять быстрые прямые расчеты между клиентами. В апробации и внедрении механизмов системы казначейских платежей (СКП) специалисты отдела принимали непосредственное участие.

За прошедшие годы многое изменилось, но неизменным остается бесперебойное и своевременное проведение платежей операционным отделом Управления, стремление поддерживать высокие стандарты при выполнении возложенных на отдел функций.