Отдел бюджетного учета и отчетности по операциям бюджетов был создан в 1999 году и назывался «Сводный отдел по исполнению федерального бюджета». С 2005 года отдел называется «Отдел бюджетного учета и отчетности по операциям бюджетов».

Отдел возглавляли:

- с 1999 год Викулова Елизавета Алексеевна;

- с 2005 года Фисенко Галина Степановна;

- с 2006 года Терехина Анна Викторовна;

- с 2013 года Ломакина Елена Юрьевна;

- с 2014 года Голышев Алексей Александрович.

С 2016 года начальником отдела является Журина Юлия Александровна.

Изначально базы данных были сформированы в Управлении отдельно по расходам и доходам, а также в каждом Отделении Управления. Бюджетным учетом в Отделениях занимались соответствующие службы. Существенным прорывом стал реализованный проект по централизации бухгалтерского учета по исполнению расходов федерального бюджета и автоматическое формирование Главной книги Управления.

С введением в эксплуатацию в 2010 году ППО «АСФК» произошли позитивные перемены: был централизован бюджетный учет операций по кассовому обслуживанию исполнения местных бюджетов на территории Саратовской области на уровне Управления, реализована передача бюджетной отчетности в МОУ ФК посредством ППО «АСФК(СУФД)» и ежедневная передача «Отчета об операциях по счетам Главной книги» для формирования консолидированной Главной книги Федерального казначейства.

Особое место в истории отдела занимает участие в пилотных проектах Федерального казначейства. Осознавая, что любая, вовремя не устраненная ошибка, может привести к проблемам всероссийского масштаба, специалисты отдела качественно тестируют новые версии ППО, устраняя потенциальные ошибки, которые могут возникать при выполнении возложенных функций. Отдел бюджетного учета и отчетности по операциям бюджетов Управления тестировал и одним из первых в стране осуществил ведение эталонной Главной книги по исполнению федерального бюджета в подсистеме учета и отчетности ГИИС «Электронный бюджет».

Коллектив отдела – это специалисты, имеющие солидный опыт внедрения казначейских технологий, обладающие аналитическими способностями и проявляющие логическое мышление, трудолюбие и терпеливость, демонстрирующие продуманный подход к реализации проектов любой степени сложности.