Отдел обслуживания силовых ведомств был создан в 1998 году. В разные годы отдел назывался: отдел информатизации и финансирования военно-промышленного комплекса, отдел финансирования силовых структур, отдел обслуживания силовых ведомств.

Отдел возглавляли:

- с 1998 года Купаева Луиза Раильевна;

- с 2000 года Тугушева Мениря Алимжановна;

- с 2002 года Кузнецова Нина Николаевна;

- с 2004 года Ломакин Алексей Иванович;

- с 2010 года Савинова Светлана Геннадьевна;

- с 2011 года Быкова Елена Анатольевна;

- с 2013 года Шеина Наталия Геннадиевна;

- с 2020 года Шорсткая Юлия Валериевна.

С 2023 года по настоящее время отдел работает во главе с Шеиной Наталией Геннадиевной.

Отдел обслуживания силовых ведомств осуществляет ведение операций на лицевых счетах получателей средств федерального бюджета. Клиентами отдела являются территориальные органы федеральных ведомств, а также подведомственные им организации, которые обеспечивают безопасность и соблюдение правопорядка, противодействуют терроризму и экстремизму.

Приоритет в деятельности коллектива отдела - строгое соблюдение законодательных норм. Благодаря глубоким знаниям нормативной правовой базы и вдумчивому подходу к организации рабочего процесса специалистами отдела эффективно осуществляется контроль закупочной деятельности бюджетополучателей, постановка на учет и исполнение бюджетных и денежных обязательств, проводится работа по исполнению исполнительных документов и решений налоговых органов.

С 2015 года начато исполнение решений налоговых органов, предусматривающих обращение взысканий на средства бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, а также на средства бюджетных и автономных учреждений. Специалисты отдела стали первопроходцами в освоении функционала ППО АСФК по учету предъявленных решений налоговых органов. Также отделом осуществлялось внедрение функционала, позволившего осуществлять прием решений налоговых органов в электронном виде через систему межведомственного электронного взаимодействия (СМЭВ).

Механизм организации исполнения исполнительных документов, поэтапно развиваясь, позволил с 2022 года работать органам казначейства в режиме «одного окна» и исполнять документы, предъявленные в любой орган Федерального казначейства по обращению взыскания на средства бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, а с 2023 года по исполнительным документам, обращающих взыскания на средства бюджетных (автономных) учреждений и с 2024 года по исполнительным документам, обращающих взыскание на средства участников казначейского сопровождения. Внедрение этого функционала также осуществлялось отделом обслуживания силовых ведомств.

В 2023 году на Всероссийском конкурсе «Лучший по профессии» старший казначей отдела Молчанова Светлана Геннадиевна заняла второе место в номинации «Лучший специалист по расходам».