Отдел внутреннего контроля и аудита был создан в 1996 году.

Отдел возглавляли:

- с 1996 года Рыськов Иван Алексеевич;

- с 2002 года Озолин Олег Юрьевич;

- с 2010 года Ломакин Алексей Иванович.

С 2014 года начальником отдела является Храмова Елена Юрьевна.

Отдел в установленном порядке осуществляет ведомственный контроль и аудит деятельности структурных подразделений Управления, направленный на добросовестное исполнение должностных обязанностей каждым гражданским служащим Управления.

За годы работы сотрудниками отдела накоплен уникальный опыт, знания и навыки, необходимые для максимально эффективного решения стоящих перед отделом задач. В 2017 году отдел стал победителем конкурса «Лучшее контрольно-аудиторское подразделение Казначейства России» и был отмечен за 1 место благодарностью Федерального казначейства.

Среди наиболее значимых новаций в деятельности отдела можно отметить следующие:

- с 2013 года переход на камеральный способ проведения контрольных мероприятий;

- с 2016 года осуществление анализа исполнения бюджетных полномочий органов государственного (муниципального) финансового контроля;

- с 2020 года участие в мероприятиях по реализации полномочий по анализу осуществления главными администраторами бюджетных средств внутреннего финансового аудита;

- с 2021 года осуществление внутреннего финансового аудита в целях подтверждения достоверности бюджетной отчетности в условиях централизации полномочий по ведению бюджетного учета и отчетности.

В разные годы специалистами отдела были написаны и опубликованы статьи об эффективных механизмах внутреннего контроля: «Мнение клиента - один из показателей эффективности работы казначейства», «Дорожная карта - эффективный инструмент подготовки контрольных и аудиторских мероприятий»; «Дистанционная форма внутреннего контроля в УФК по Саратовской области», «Оптимизируем процесс документирования контрольного мероприятия».