Отдел создан в 2012 году. Первое название: отдел государственных закупок. С 2017 года переименован в отдел функционирования контрактной системы.

С 2012 года отдел возглавлял Гордеев Антон Николаевич. С 2022 года начальником отдела является Афанасьев Андрей Николаевич.

Основная задача отдела: поддержание функционирования контрактной системы, в том числе Единой информационной системы в сфере закупок (ЕИС), на территории Саратовской области. Благодаря функционированию Единой информационной системы в сфере закупок (ЕИС) автоматизирован закупочный процесс, сформирован механизм общественного контроля процесса закупок.

Отдел является одним из двух действующих на территории России Центров компетенции в сфере закупок. Обслуживает 58 субъектов РФ от Калининграда до Уральских гор. Специалисты отдела информируют и консультируют пользователей по вопросам функционирования Единой информационной системы в сфере закупок (ЕИС), осуществляют рассмотрение и систематизацию поступивших обращений, формируют предложения по развитию Единой информационной системы в сфере закупок (ЕИС) и смежных информационных систем в сфере закупок, а также предложения по внесению изменений в законодательство Российской Федерации и иные нормативные правовые акты о контрактной системе в сфере закупок.

На отдел возложено осуществление контрольной функции в отношении информации, подлежащей размещению в Единой информационной системе в сфере закупок (ЕИС) в реестре контрактов, заключенных заказчиками.

Деятельность отдела направлена на совершенствование функционала и сервиса Единой информационной системы в сфере закупок (ЕИС) для широкого круга пользователей - заказчиков, участников закупок, финансовых и контролирующих органов, взаимодействующих с системой.