Организационно-аналитический отдел образован в 2021 году в результате реорганизации контрольно-ревизионного отдела в финансово-бюджетной сфере. Возглавил отдел Никитин Алексей Александрович.

Основными функциями отдела являются организация планирования контрольной деятельности Управления в финансово-бюджетной сфере, организационно-аналитическое сопровождение контрольной деятельности и учет информации на протяжении всего жизненного цикла контрольных мероприятий, включая формирование и консолидацию отчетности по их результатам, формирование отчетности для предоставления в Федеральное казначейство.

Контрольная деятельность Управления ориентирована на приоритетные для государства задачи: контроль расходования бюджетных средств на реализацию мероприятий, предусмотренных национальными проектами и государственными программами, контроль за расходами, находящимися на казначейском сопровождении, контроль условий соглашений о предоставлении бюджетных кредитов (специальных казначейских кредитов).

Отдел осуществляет информационно-техническое сопровождение деятельности коллегиального органа - Контрольной комиссии Управления, созданной для объективного, всестороннего и своевременного рассмотрения результатов контрольных мероприятий, проводимых Управлением и выработки предложений о реализации результатов контрольных мероприятий.

Немаловажное место в работе отдела занимает взаимодействие с другими контрольными и надзорными органами как федерального, так и субъектового уровня по вопросам обмена информацией в рамках осуществляемой контрольной деятельности.

Деятельность отдела направлена на повышение качества осуществляемого контроля, организацию обеспечения экспертного сопровождения контрольной деятельности в финансово-бюджетной сфере.